1. Jak zrobić klasę w klasie (czyli $c1->c2->func())? Robię przez utworzenie w c1 zmiennej c2=new c2();. Jest jakiś poprawniejszy sposób?
2. Jak odwołać się z funkcji func (w klasie c2) do func2 w klasie c3 ($c1->c3->func2())? Robię to przez global $c1; i wtedy $c1->c3->func2(). Jest jakiś poprawniejszy sposób?

Chodzi tobie o dziedziczenie
Można również przekazać obiekt klasy jako parametr konstruktora.

Napisz jakoś dokładniej co chcesz zrobić (najlepiej na przykładzie).

Z tego co wyczytałem, to albo jak napisał kolega jako parametr w konstruktorze albo wykorzystać wzorzec singleton.

[PHP] pobierz, plaintext 
<?php
class x {
  $private $_t;
 
  public function getCos(){ 
    return $this->_t; //singleton czy coś tam; t = new y
  }
}
 
$x->getCos()->test();
?>
[PHP] pobierz, plaintext 

O to chodzi?

Chodzi o to, czy to jest poprawne:

[PHP] pobierz, plaintext 
<?php   
    class c1
    {
        public function __construct()
        {
            $this->c2    =    new c2();
            $this->c3    =    new c3();
            return true;
        }
    }   
    
    class c2
    {
        public function func()
        {
            return;
        }
    }   
    
    class c3
    {
        public function func()
        {
            global $c1;
            $c1->c2->func();
            return;
        }
    }  
    
    $c1    =    new c1();
    $c1->c3->func();            
?>
[PHP] pobierz, plaintext 

U mnie zadziałało, ale szczerze powiedziawszy, tak sie nie robi, bo masz sieczkę w kodzie po jakimś czasie.
Tak jak napisali Koledzy wcześniej: albo dziedziczenie, albo składową klasy robisz obiekt innej i przy jego pomocy odwołujesz się do jego metod.