Różnica w przypadku pisania tylko w JS/jQuery żadna. Sprawa się nieco komplikuje gdy zaczynasz to pluć echem poprzez php. Musisz uważać wtedy by nie zamknąć sobie stringa przedwcześnie, bo interpreter zacznie sypać błędy. Ale w tym momencie wchodzisz już w wątek o prawidłowym używaniu i różnicach pomiędzy stosowaniem " a ' w interpretacji zawartości stringa. Na tym forum wiele osób nie widzi różnicy między nimi i stosują zamiennie w php a potem mają kwiatki, bo "coś nie działa"