EDIT:
Faktycznie nie za dobrze sprecyzowalem cała sytuacje, wobec tego zacznijmy od poczatku. Hosting to lh.pl, na localhoscie wszystko smiga jak powinno, układ katalogów jest następujący na dana chwile:
/public_html/projekt /public /application /library *.zfproject.xml
W katalogu public pozostały nie naruszone pliki index.php i .htaccess. Po wywołaniu dowolnego z controllerów np. http://blabla.lh.pl/projekt/public/nazwa_controllera, dostaje błąd :
The requested URL /home/virtuals/blabla.lh.pl/nomess/public/index.php was not found on this server.
Natomiast, gdy usuwam plik .htaccess otrzymuje błąd: The requested URL /nomess/public/oferta was not found on this server. Co oznacza, ze wtedy w ogole nie działa.