A pomyśl sobie jakie to będzie obciążenie dla serwera gdy zmuszony będzie odczytać 10 tys. plików tekstowych w ciągu dajmy na to 5 sekund (zakładajmy, że taka sytuacja może zaistnieć) - jeżeli na oko nie dostrzegasz tego co ja to możesz zrobić proste doświadczenie: spróbuj uruchomić 5 tys. (dałem mniej bo jak wiadomo stacjonarne PC nie sa aż tak wydajne jak profesjonalne serwery) plików tekstowych w tak krótkim czasie...
Jeżeli masz możliwość to operuj na bazach danych - MySQL / PostgreSQL - zwłaszcza przy bardzo dużej ilości informacji. Pliki tekstowe są ok, ale do pewnej granicy - do małych projektów, które nie wymagają optymalizacji i tak czy inaczej nie wykorzystają zbyt wielu zasobów => nie spowolnią pracy platformy.
Zwróć uwagę, że baza danych tworzy sobie tzw. index, a więc znacznie szybciej znajdzie dane w określonej tabeli. Dla porównania plik tekstowy musiałby być odczytany od A do Z by wreszcie odnaleźć szukaną informację.
Podsumowując, baza, baza i jeszcze raz baza. Nie wiem jaki byłby to problem gdyż w dzisiejszych czasach bazy danych posiadają nawet najtańsze (a nawet darmowe) serwery.
Pozdrawiam!