Mam pytanie do bardziej znających się na tym, jak ma wyglądać trzymanei i ładowanie ustawień w mvc.

Ustawienia typu ilość newsów na stronie, czy bazda danych muszą być do ustawienia przez użytkownika.

Trzymane w bazie, więc muszę wczytać do tablicy, ale w jakim miejscu, czy to w pliku index.php, routerze, requeście?

o ile dobrze mi się wydaje to w modelu MVC nie zbytnio wytycznych gdzie masz trzymać ustawienia swojej aplikacji. Np. w frameworku Kohana ustawienia znajdują się w oddzielnym katalogu aplikacji i są includowane w konstruktorze danej klasy (nie ma znaczenia czy klasa jest wykorzystywana w warstwie modelu, widoku czy kontrolera) i według mnie to jest bardzo dobre rozwiązanie tego problemu

MVC to wzorzec, który opiera się na logice model - widok - kontroler. To tak najogólniej A ustawienia możesz przechowywać gdzie chcesz, nie ma zdefiniowanego nigdzie miejsca gdzie należy je trzymać, tak samo nie ma niegdzie napisane że wzorzec MVC musi mieć katalogi o określonych nazwach itd...