Ja to robiłem inaczej: jeśli to był formularz, wstawiałem pole hidden
kod PHP:
<form action="" method="post">
<input type="hidden" name="zmienna" value="<?=$wartosc?>" />
</form>
A potem dawałem w JS:
var zmienna = $('input[name=zmienna]').val();
W czystym JS to chyba idzie jakoś tak:
var zmienna = document.getElementsByName('zmienna'); /* z tego zrobi Ci tablicę, z tego co pamiętam */
zmienna = zmienna[0];
Zaznaczam, że w czystym JS mogłem się walnąć.
Oczywiście nic nie stoi na przeszkodzie, żebyś zmienne poupychał do innych elementów HTML i może ustawił visibility: hidden - troszkę prowizoryczne rozwiązanie, ale na ten moment nic innego nie przychodzi mi do głowy.
EDIT: oczywiście możesz zmienić na serwie, żeby parsował Ci też pliki JS, ale nie ma to większego sensu