Witam, na razie wszystko co jest na stronie głównej mam praktycznie w pliku index.php + treści html, ale jak podzielić to np na header, content, footer...
Co powinien w takim przypadku zawierać header ? Co np footer ? A co content ?

Jak chcesz. Najlepiej podzielić sekcjami.

A co wtedy z obsługą sesji, logowania, rejestracji itd ? Np niech logowanie samo w sobie będzie w header, ale treść inna dla zalogowanych będzie w content więc tu znowu muszę sprawdzać zalogowanie tak ? To samo np w przypadku footer ?

Czy obsługa np pokazywania wpisów może być jako osobna klasa, a w index po prostu zrobię w którymś miejscu include ? Jeśli tak to czy mógłbyś mnie na to naprowadzić ? Chciałbym wiedzieć czy jakoś dobrze myślę.

1 klasa = 1 plik
a że w PHP jest tendencja do nazywanie widokiem pliku phtml, który jest dołączany, to:
1 widok = 1 plik

Obiekty klasy mogą wykonywać operacje (obsługa sesji, logowanie, rejestracja) natomiast widoki je tylko wyświetlają. Od połączenia wyników operacji z widokiem masz kontroler.
Najlepiej weź jakiś FW i zacznij używać. Pisanie wszystkiego od zera jest zazwyczaj stratą czasu, nawet jeżeli robisz to, aby się nauczyć.

Jakiś konkretny framework polecasz ? + Do niego dobra dokumentacja, najlepiej podstawy przynajmniej po polsku.

Zacznij od czegos prostego, pakowanie sie od razu w zenda, czy symfony jest bez sensu. Kohana, fuel, lavarel - dosyc proste i fajne frameworki.

Łukasz dobrze prawi - zacznij od czegoś prostszego. Wydaje mi się, że skoro szukasz polskich tutoriali to możesz spojrzeć na Code Igniter. Do niego jest całkiem fajny kurs napisany po polsku:
http://www.php.rk.edu.pl/w/p/kurs-ci/
Wprawdzie ten framework nie jest mistrzostwem świata jeśli chodzi o programowanie obiektowe, ale na początek (w celu ogólnego rozeznania co i jak) wystarczy.

Na razie zacząłem sprawdzać kohana, więc za jakiś czas może coś o nim tutaj napiszę jak idzie, jest trochę blogów i innych podobnych rzeczy po polsku jak i po angielsku, a sam FW wydaje się być w miarę prosty.

Tylko na razie mam problem z przekierowaniem na localhost, appserv i htaccess, niby powinno działać ok w głównym katalogu, ale ja to wsadziłem od razu do /labs/kohana/

EDIT:
Poradziłem sobie z tymi katalogami