Zacznę krótkim przykładem

[HTML] pobierz, plaintext 
function cos()
{
  var a = "wartosc";
  setTimeout(function(){
    alert(a);
  }, 1000);
}
[HTML] pobierz, plaintext 

Przykład wygląda jakby nie było w nim żadnego błędu, a jednak alert wyświetli nam, że zmienna nie istnieje.
Dzieje się tak gdyż zmienna a "ginie" zanim wykona się funkcja setTimeout bo jest zmienną lokalną. Zastanawia mnie czy jest jakiś sposób przekazania zmiennej lokalnej do funkcji zawartej w setTimeout?
Użycie zmiennej a jako globalnej nie wchodzi w grę gdyż mogła by ona już dawno zmienić swoją wartość. A mi chodzi o wartość jaką zmienna a miała w momencie użycia funkcji setTimeout.

Przecież ten kod działa poprawnie: http://jsfiddle.net/WvrtZ/

No dobra może podałem zły przykład gdyż jak widze javacript zapamietuje zmienne lokalne jako globalne.

[HTML] pobierz, plaintext 
 function cos()
{
  for(var a=0; a<10; a++)
  {
    if(a==3)
    setTimeout(function(){
      alert(a);
    }, 1000);
  }
}
 
cos();
[HTML] pobierz, plaintext 

Chodzi mi o to by funkcja w setTimeout wyświetlila 3 a nie 10. Jestem ciekaw czy w jakiś sposób można przekazać parametr tej funkcji.

[JAVASCRIPT] pobierz, plaintext 
setTimeout( function()
{
  twojaFunkcja( parametr );
}, 1000)
[JAVASCRIPT] pobierz, plaintext 

Po pierwsze do funkcji TwojaFunkcja zostanie przekazana wartość 10 a powinna być 3, a po drugie nie po to tworzę funkcje anonimową by tworzyć zwykłą junkcję.

Odrazu uprzedzam ze wstawienie zamiast funkcji anonimowej, funkcji TwojaFunkcja odpada gdyż w skrypcie mam kilka funkcji anonimowych ale z tego wynika ze bez dodatkowych zmiennych się nie obejdzie.

Poczytaj co robi setTimeout i parametrach. Ona po prostu jako parametr przyjmuje funkcję i czas po jakim ją odpala - nie zatrzymuje działania pętli i stąd masz ten wynik. Chcesz to obejść? Zrób sobie zmienną lokalną, która "zapamięta" wartość owej zmiennej w momencie walnięcia IFa i to ją przekaż do funkcji alertującej. Wszelkie próby operowania na zmiennej po jakiej iteruje pętla to zwyczajne nieporozumienie w tym momencie. To o co Ci chodzi to pewnie coś w deseń:

[JAVASCRIPT] pobierz, plaintext 
function cos()
{
  for(var a=0; a<1000; a++) {
    if(a==5) {
      var b = a;
      window.setTimeout(
        function() {
          alert(b);
        },
        1000
      );
    }
  }
}
[JAVASCRIPT] pobierz, plaintext 

Od razu mówię, że nie jest to "fajne" rozwiązanie. Powinno się przekazywać parametr tak jak napisał webdice. Niestety próba przekazania ich przez function(b) {alert(b);} (czy to samo z a) zakończy się rzuceniem undefined, ponieważ tak naprawdę one już nie istnieją.

JS nie zapamiętuje zmiennych lokalnych jako globalne. To działa inaczej. W momencie wywołania funkcji, jest zapamiętywany jej kontekst, w jakim została wywołana.

Inny przykład kodu, który wyświetli pożądane 3, to:

Wiem co robi setTimeout, dlatego też szukałem sposobu by przekazać parametr to tej funkcji. Dodatkowa zmienna odpada gdyż setTimeout może być w pętli używane kilka razy w różnych momentach więc musiałbym to jakąś zapamiętać to do tablicy zmiennych a potem w funkcjach wiedzieć która zmienna jest dla jakiej funkcji.

Przykład, który został podany przez irmidjisz-a jest chyba najlepszym tego rozwiązaniem.