Mam taki przykład:

[HTML] pobierz, plaintext 
<b> jakiś tytuł</b>
 
<p>pierwszy akapit</p>
 
<ul>
<li>pierwszy</li>
<li>drugi</li>
<li>trzeci</li>
</ul>
 
<p> drugi akapit</p>
[HTML] pobierz, plaintext 

teraz jak zastosuję na tym funkcję nl2br to doda mi wszędzie <br />, a ja tych <br /> między <ul> a </ul> nie chcę, ponieważ obniża podwójnie elementy w liście.

można to wykonać w jakiś prosty sposób?? kombinowałem trochę z preg_replace, ale wtedy albo wszystkie usuwa albo nic..

Musisz sparsować dokument, wyszukać paragrafy i dopiero na treści paragrafu wykonać nl2br()

no właśnie nie za mocny jestem w wyrażeniach regularnych i tutaj mam zawsze problemy, mógłbyś jakoś mnie nakierować trochę

Nie musisz być mocny w wyrażeniach regularnych. Mało tego, nie musisz ich znać w ogóle.
Uzyj Dom:Document lub phpQuery.

i jest to jedno z prostszych rozwiązań

Zależy co dla kogo jest proste, osobiście przedkładam niezawodność nad prostote.