Pytanie obecnie hipotetyczne, aczkolwiek czasem spotykam się z czymś takim, nie robię z tego powodu nikomu problemów, tylko staram się poprawić zazwyczaj za free coś co się zepsuło - w końcu to moja wina, że nie przewidziałem jakiś niepoządanych akcji. Jednak nie raz jest to dość uciążliwe, z racji np. tego, że kod pisałem np. rok albo dwa temu i nie jestem z nim na świezo. Wcześniej sam zawsze testuje ile mogę zlecony skrypt, później oczywiście zalecam zrobić to samo klientowi - zazwyczaj klient mówi, że przetestuje a nic nie testuje i potem byki wychodza w praniu;]
Dlatego pytanie, jak się w takiej sytuacji powinno zachować? Jeśli założymy, że okres reklamacji już miną (o ile takowy w ogole był w umowie) - czy widząc, że strona po roku zaczeła się gdzieś sypać powinno się za darmo to zreperować czy jednak rządać zapłaty?
Czy w umowie powinno się takie rzeczy zastrzegać? Jak to najlepiej załatwiać?

Umową. Inaczej sensu nie ma, dla obu stron.

Dodatkowo, testy jednostkowe i funkcjonalne naprawdę pozwalają wyłapać 90% błędów.

Co do samej reklamacji, to wydaje mi się, że dajesz gościowi np. miesiąc/rok na darmowe naprawy, przez ten okres ma czas na wyłapanie wszelkich błędów i wysłanie ich do Ciebie - Ty naprawiasz to za darmo.

Czas zawarty w umowie mija, problemy nie były zgłaszane - koniec... masz luz, a jak coś znajdzie, to zawsze możesz wybronić się tym czasem, na który umówiliście się w umowie.
Pozwala to na pewno na uniknięcie tego co opisałeś, że po x latach gość napisze do Ciebie "Witam Panie X, znalazłem błąd tu i tu... proszę o naprawę"

Wrzuć w sobie do umowy zapis w którym będzie informacja że jeżeli w ciągu X dni od daty przekazania projektu, klient nie zgłasza uwag co do działania systemu uznaje się jego działanie za poprawne. Wszystkie uwagi, problemy zgłoszone po upływie X dni będą objęte dodatkową opłatą w wysokości ..... i tak dalej.

Wiadomo że jeżeli będziesz miał 30dni a po 34dniach klient Ci zgłosi problem to warto by to nie odpłatnie naprawić tak by nie psuć wizerunku firmy, no ale granice pewne są.

Wysokość tej kwoty raczej powinna być jakaś dynamiczna? W zależności od wielkości projektu itd?

W zależności od ilości poświęconego czasu na modyfikację

Inna ważna uwaga, dla mniej doświadczonych a chcących uniknąć niespodzianek. Raczej nie dla stronek, aczkolwiek w pewnych przypadkach te też tutaj pasują.

Zapisujcie w umowie dokładne wymagania serwerowe jakie aplikacja ma spełnić: wersje oprogramowania, dostępne moduły, pamięć, maksymalny czas wykonywania - im więcej, tym lepiej.