Kiedy masz wiele plikow uploadowanych przez userow skryptem php trzeba kazdemu nadac jakas unikalna nazwe i automatycznie dac do jakiegos folderu. Pomyslalem zeby nadawac jakis random number i polaczyc z data i id uzytkownika i wrzucic do jednego wspolnego foldera. Czy to jest zly pomysl z jakis wzgledow? Jest jakis racjonalny limit plikow jakie powinno sie trzymac w jednym folderze? Jak takie rzeczy sie powinno segregowac?

Wg. mnie nie ma żadnych przeszkód w wrzucaniu plików do jednego katalogu.
Zawsze nazwę "pliku" możesz podczas uploadu zmienić na sume kontrolną i zapisywać do bazy mysql nazwę faktyczną.
Dzięki temu jak ktoś zacznie pobierać plik który na serwerze zapisany jest jako "okurczecotozadziwnanazwa.zip" zmieni nazwę "normalnyplik.zip".

W internecie jest dużo gotowych rozwiązań, podpatrz jak to wygladą w praktyce.

A nie lepiej byłoby zapisywać pliki do folderów o nazwie daty wrzucenia? Lepsze uporządkowanie.

Nie, bo jak ktoś wgra 10 plików dziennie o tych samych nazwach to co?
Dodatkowo też chodzi o ukrywanie plików na dysku przed userem.

Ukrywanie ukrywaniem, ale chyba ktoś zapomniał o kilku sprawach:
- hostingi z reguł pozwalają zapisywać pliki o dowolnej nazwie. Także te, które potem są problematyczne do usunięcia, bo skrypt zakupiony przykładowo nie dbał o to i macie pliki z krzakami w nazwie,
- walenie do jednego katalogu to problematyczniejsza kwestia uprawnień do plików dla userów, w końcu wszystkie są w jednym worze, a jakoś trzeba ograniczać dostęp innym,
- limit plików. Mało osób zwraca uwagę, że powyżej pewnej wartości są poważne problemy z choćby listowaniem zawartości i operacjami na przepełnionym katalogu,
- większa ilość = dłuższy czas obróbki.

To tak na szybko.