Witam.

Mam problem z optymalizacją zapytania otóż pewne zapytanie w panelu phpmyadmin trwa 5-6sek, a przy użyciu tylko mysql_query() aż ponad 30s.
Czemu taka różnica i co z tym zrobić, bo trwa to za długo ...

Acha indeksy są wszędzie powstawiane. Wiem że mysqli i PDO jest nowsze, ale system był pisany wiele lat temu, gdzie korzystało się jeszcze z mysql - chyba, że faktycznie PDO lub mysqli ma przyśpieszyć zapytanie to tylko dla tego mechanizmu mogę zdefiniować takie połączenie.

Pokaz zapytanie. PDO nie przyspieszy zapytania

To że są powstawiane indeksy, nie oznacza że są dobrze poustawiane i ich używa. Zrób EXPLAIN zapytania i zobacz ile rekordów ci mieli. Poza tym nie napisałeś co to za zapytanie ani ile tabele mają danych ani jak są powiązane.