Na stronie głównej w html zapisałem link do pliku "komendy" utworzonego w edytorze gedit:
<a class="link" href="komendy">Używane komendy</a>
Link otwiera plik "komendy" w oknie przeglądarki; jak to zmodyfikować żeby plik po kliknięciu linka otwierał się w edytorze gedit a nie w oknie przeglądarki?

To nie jest możliwe nawet za pomocą Javascript. Ale można to obejśc tak, że wymuszasz pobranie pliku, a plik otwierasz wybranym programem (to już strona przeglądarki)