• zmienne $kod, $wyroznienie i $czas są zdefiniowane,
• w bazie istnieje rekord spełniający warunki,
• skrypt ma połączenie z bazą,
• nazwy kolumn są zgodne,
Pomimo tego zmienna $r2 nie zwraca pożądanego wyniku.

[PHP] pobierz, plaintext 
	$zapytanie=mysql_query("SELECT * FROM weryfikacja WHERE kod='$kod' and wyroznienie='$wyroznienie' and czas='$czas'");
	$r1 = mysql_fetch_assoc($zapytanie);
	$r2=$r1['id'];
[PHP] pobierz, plaintext 

coś musi być ze zmiennymi albo coś źle, że rekordu w bazie nie znajduje
użyj var_dump($r1); i zobaczymy czy będzie null

bool(false)
W czym według Was może tkwić błąd?

Dodaj mysql_error do zapytania.

mysql_error nie zwraca nic, a mysql_errno() zwraca 0, czyli błąd nie wystąpił

Problem rozwiązany zmienna $kod składała się z sześciu liter bądz cyfr, natomiast w strukturze tabeli kolumna kod miała typ varchar(8).
Nie sądziłem, że to ma wpływ