Podczas dokumentowania projektow mam niedomiennie ten sam problem. PHPDocumentor generuje z założenia dokumentację dla klas. Kontroler klasą nie jest i co za tym idzie jest ignorowany podczas tworzenia dokumentacji. Dla mnie kontroler, jako element spinający całość, jest najlepszym miejszcem do zawarcia najobszerniejszego opisu.
Jak wy rozwiązujecie problem dokumentacji kontrolera i całości aplikacji/modułu? Czy korzystacie z innych narzędzi?
Jak dla mnie PHPDocumentor jest najwygodniejszy, bo znajduje się w ZDE, którego używam.