Ja proponuję przy każdym tagu <table> wstawić border=1. Brzmi banalnie, ale dla mnie to najlepszy sposób

. Muszę powiedzieć, że kiedy korzystałem z różnych szablonów html, to czasami pojawiały się wadliwe tabelki, posiadające o jedno <td> za dużo bądź za mało. O dziwo, to internet explorer lepiej sobie radzi z niepoprawnym kodem, przynajmniej w moim odczuciu. Po prostu pomyśl, czy nie ma gdzieś błędu. Możesz też sprawdzić valign, ale nie sądzę aby to pomogło.