Można sprawdzić, czy użytkownik ma jakiś folder w danej ścieżce za pomocą JS?

Tylko JS? Nie. Ani na serwerze, ani na komputerze klienta.
Jeśli na serwerze, można użyć Ajax-a, na komputerze klienta niczym nie sprawdzisz (pomijam takie rozwiązania jak ActiveX).

Pozostaje jeszcze Java (bez Script)

Jeszcze: PHP, C++, Basic, PASCAL i wszystkie języki inne języki, które mogą połączyć się z netem

No dobra. wystarczy dopisywania się do listy języków. Jak autor wyjaśni o jaki folder chodzi (lokalny czy zdalny), wówczas będzie można udzielić bardziej konkretnej odpowiedzi.