Ostatnio miałem taką sytuację. Najpierw lokalnie za pomocą dwóch niezależnych programów sprawdziłem MD5 pliku i wyszedł mi wynik. Później wgrałem plik na serwer i za pomocą funkcji md5_file() ponownie sprawdziłem MD5 pliku, jednak ku mojemu zdziwieniu wyszedł zupełnie inny wynik. Więc zgrałem tym razem z serwera plik i znów sprawdziłem lokalnie MD5 pliku. Było identyczne jak na samym początku.
I tu moje pytanie. Dlaczego teoretycznie ten sam plik ma inny wynik MD5 lokalnie, a inny wyświetlony przy pomocy funkcji PHP?

a jak wyglądał skrót lokalny, a jak na serwerze?

Przelicz sumę za pomocą innego algorytmu (choćby sha1) i porównaj wyniki.

Nie za bardzo rozumiem twojego pytania.
Zrobiłem tak jak napisałeś. Za pomocą sha1 lokalnie oraz funkcji sha1_file() na serwerze i oba wyniki są różne.

Jak wysyłasz pliki na serwer?

Przez FTP, za pomocą programu Filezilla.

Sprawdź czy czasem znaki nowych linii nie są jakoś konwertowane (w win a linuxem jest inaczej). Rozumiem, że chodzi o pliki tekstowe?
Spróbuj jeszcze zrobić hashe z innych typów plików np mp3

Prawdopodobnie to jest przyczyną. Dzięki Wookieb.

Różnica może wynikać z tego, że w systemie mamy dwie funkcje:
md5
md5sum