Czy ktoś miał kontakt z arabskimi czcionkami? Na stronie wyświetlają mi się poprawnie (strona utf-8) ale już przy operacjach na łańcuchach w javascript zaczyna się krzaczyć.
Co z tym można zrobić?

JavaScript wspiera Unicode, więc nie powinno być problemów: http://jsfiddle.net/epk3f/ Mógłbyś podać jakiś przykład (najlepiej online).

Sprawdź kodowanie samego pliku js czy jest poprawne