Mam w formularzu taki kod:

[PHP] pobierz, plaintext 
<fieldset>
<legend>Przypisz nowe zawody:</legend>
<input type="hidden" name="zawody[]"  value="0">';
echo self::sql_notInOccupations($pesel);
</fieldset>
[PHP] pobierz, plaintext 

Dalej robię insert tablicy do bazy:

[PHP] pobierz, plaintext 
$query2 = "Insert into workers_occupation (lev0, pesel) values (?,?)";
$stmt2 = $db->prepare($query2);
if($stmt2 == true)
{
   foreach ($wykaz_zawodow as $occupation)
  {
      $stmt2->bind_param('ss', $occupation, $pesel);
      $stmt2->execute();
       $stmt2->store_result();	
  }
}
[PHP] pobierz, plaintext 

Log sql wygląda tak, gdy został zaznaczony jeden chceckbox 'Kierowca'

[SQL] pobierz, plaintext 
 529 Prepare   INSERT INTO workers_occupation (lev0, pesel) VALUES (?,?)
 529 Execute   INSERT INTO workers_occupation (lev0, pesel) VALUES ('Kierowca','1305420057')
[SQL] pobierz, plaintext 

Gdy nie zaznaczę żadnego checkbox-a , mysql tylko przygotowuje zapytanie, ale go nie wykonuje log, sam prepare:

[SQL] pobierz, plaintext 
 529 Prepare   INSERT INTO workers_occupation (lev0, pesel) VALUES (?,?)
529 Prepare   INSERT INTO workers_skills (lev0, pesel) VALUES (?,?)
....
[SQL] pobierz, plaintext 

Natomiast gdy chce usunać jakiś rekord z bazy execute zawsze wykonuje się dwa razy:

[PHP] pobierz, plaintext 
<fieldset>
<legend>Przypisz nowe zawody:</legend>
<input type="hidden" name="zawodyusun[]"  value="0">';
echo self::sql_InOccupations($pesel);
</fieldset>
[PHP] pobierz, plaintext 

[PHP] pobierz, plaintext 
$query7 ="Delete From workers_privilages  Where shortname=? and pesel=?";	
$stmt7 = $db->prepare($query7);
if ($stmt7 == true)
{
   foreach ($wykaz_uprawnienia_usun as $usun_uprawnienie)
   {
       $stmt7->bind_param('ss',$usun_uprawnienie,$pesel );
       $stmt7->execute();
       $stmt7->store_result();	
    }
}
[PHP] pobierz, plaintext 

[PHP] pobierz, plaintext 
539 Prepare   Delete From workers_occupation  Where lev0=? and pesel=?
539 Execute   Delete From workers_occupation  Where lev0='0' and pesel='1305420057'
539 Execute   Delete From workers_occupation  Where lev0='Kierowca' and pesel='1305420057'
[PHP] pobierz, plaintext 

Dlaczego w tym przypadku execute wykonuje się dwa razy ?

Ponieważ tablica $wykaz_uprawnienia_usun, po której się iterujesz ma zdublowane pola - raz jako index INT, dwa jako klucz tekstowy.
Zrób var_dump na niej, przed foreach i sprawdź

Jak pozbyć się tego dubla ?
Wyrzucić z ukrytego pola wartość ukrytą ?

OD tego zacznij. Zamiast tego powinieś sprawdzać IMHO isset, is_array i/lub count tablicy

Już działa poprawnie, dzięki