Dostałęm stronkę na której mam coś takiego zrobić. Jaka jest procedura przy tego typu zabawie ?

Tak na chłopski rozum to wychodziłoby, że robię sobię listę wszystkich skryptów co do których mam wątpliwości, wywalam po jednym i sprawdzam czy na serwisie coś się posypało.
Jeśli wszystko działa tak jak do tej pory to znaczy, że dany skrypt jest niepotrzebny.
Problem taki, że przy rozbudowanym serwisie i wielu skryptach ciężko wyłapać czy gdzieś głęboko jakaś mało widoczna funkcja nie przestała działać.

Może są jakieś narzędzia pomocne przy wykonywaniu takich analiz ?

Przychodzi mi do głowy tylko pokrycie testami tego wszystkiego, ale to powinno być robione od samego początku.
Puszczasz sobie test, który klika gdzieś po interfejsie, sprawdza odpowiedzi. Wywalasz skrypt, puszczasz test i tak w kółko.

No właśnie. Czegoś takiego teraz raczej nie zaimplementuje...

Takie babranie się w spaghetti jest bez sensu, szybciej bedzie zebrac wymagania jakie funkcje maja spelniac skrypty wywalic WSZYSTKIE i napisac od nowa, jezeli jest tego za mało zeby przyjac ta metoda tzn ze nie ma co tego nawet optymalizować

teraz już po herbacie, ale to o czym piszesz świadczy nie o tym, że serwis jest "rozbudowany", tylko, że jest napaćkany. Nawet w dużych projektach można utrzymywać jasną strukturę zależnosci między modułami, a nie "głęboko jakaś mało widoczna funkcja nie przestała działać".

Chociaż nie osądzam, bo różnie to bywa, czasem ma się do czynienia z legacy kodem napisanym przez kogoś innego...