jezeli kasujesz je recnie, np. przez ftp, to uprawnienia uzytkownika na torego sie logujesz moga byc zupelnie inne niz uzytkownika, ktory "dziala" jako skrypt. W linuxie wszystko nalezy do jakiegos uytkownika/grupy. Prawdopodobnie wlasnie tutaj tkwi problem. Wowczas masz tylko dwie mozliwosci:
1. Kasowac pliki skryptem - wowczas wywolany on zostanie przez teg samego uzytkownika co skrypt ktory je utworzyl
2. modyfikowac po utworzeniu prawa dostepu do wrzuconego pliku przez chmod(), np na 755, lub, jeli to nie zadziala, na 777. Al pamietaj, ze 777 to dostep da WSZYTSKICH i moesz miec troszke niekontrolwanego ruchu

to drugie rozwiazanie jest lepsze, jesli chcesz miec nad tymi plikami kontrole przez ftp