W plikach można sobie trzymać jakieś drobne rzeczy np. konfigurację. Podczas zapisywania danych w bazie, gdy serwer będzie miał timeout, nie utracisz wszystkich danych, a jak to będziesz zapisywał w pliku, to cały plik może Ci się nieoczekiwanie wyczyścić. Poza tym, łatwiej pisze się aplikacje z użyciem baz danych. Jest też wtedy więcej możliwości np. zaawansowane wyszukiwanie, filtracja danych, relacje itd. W plikach też na upartego dałoby się to zrobić, ale zajęłoby to więcej czasu, było bardziej toporne, mniej wydajne i mniej bezpieczne. Zresztą, po co wynajdywać koło na nowo

?
Reasumując, do zapisów jakichś drobnych, mniej istotnych informacji i danych tymczasowych można wykorzystać pliki, ale do zapisu dużej ilości ważnych danych lepiej jest wykorzystać bazę.
Pliki ze zdjęciami lepiej jest trzymać na serwerze.