hmm ... możesz użyć parametru
separator, bądź podzielić tablice z danymi na dwie ... i dwa razy wywowłać {html_checkboxes} ...
-------------
EDIT:dobra, pobawiłem się chwile ... spróbuj tak ...
ściągnij to:
http://decha-design.pl/source/function.html_checkboxes.php i nadpisz z plikiem w /libs/plugins/
a następnie w *.tpl zrób tak:
{html_checkboxes name='id' options=$options selected=$selected separator='
<br />'}
powinno działać, możliwe że tak jak chcesz ...