Zastanawia mnie pewna kwestia.
Czy strona html powinna być całkowicie generowana przez php?
Czyli mamy klasę np strona i w niej metody stopka, menu itp itd ?
A w index.php umieszczamy

[PHP] pobierz, plaintext 
Strona strona = new Strona();
strona->menu();
....
[PHP] pobierz, plaintext 

Czy tylko generować jakieś pojedyncze wartości np

[PHP] pobierz, plaintext 
<div>
strona->menu();
</div>
[PHP] pobierz, plaintext 

Lepszym sposobem jest generowanie poprzez PHP - wtedy gdy chcesz coś dodać w nagłówku bądź stopce wystarczy, że zmodyfikujesz jeden plik zamiast wszystkich podstron. Niekoniecznie musi to być funkcja typu stopka() a plik np. /includes/footer.php i w php robisz include 'includes/footer.php';

Moim zdaniem lepiej generować całą stronę za pomocą PHP, dzięki temu możesz swobodnie zarządzać wyglądem, przykładowo masz taki div, a nagle chciałbyś zmienić go na tabelkę. Oczywiście to tylko przykład. Lepiej też generować za pomocą obiektu i metod, niż za pomocą funkcji include (oczywiście metody takiej klasy będą głównie opierały się na include czy require, ale jakiś skomplikowany warunek czy operacja na tej funkcji w wypadku obiektów będą dużo łatwiejsze do dodania).