Tylko format flv może być w ten sposób odtwarzany. Inne wymagają dodatkowych wtyczek, pluginów etc. No, ten niby tez (flash player) ale akurat "każdy" go ma

A jak podejść to już zależy od sytuacji. Czy tylko Ty wrzucasz tam pliki, czy userzy też. Jeśli userzy to konwersja musi gdzieś być i chyba najlepiej podczas uploadu. Jeśli tylko Ty, to możesz konwertować na swoim komputerku i wrzucać już plik flv.
Tak czy siak, imho tylko flv i przekonwertowany na flv (jeśli ktoś wrzuca inny) w locie podczas uploadu.