Zaczął bym od dodania pola
zweryfikowany określającego czy dany e-mail został zweryfikowany.
<?php
mysql_query("INSERT INTO kody (kod,email,zweryfikowany) VALUES('$kod','$mail','Nie')")or
die("Błąd bazy danych"); ?>
Następnie w mailu dodał bym link ułatwiając weryfikację w ten sposób:
<?php
$message = "Twój kod weryfikacyjny to <a href="index.php?kod={$kod}">Wejdź na strona jakąś</a>";
?>
Oczywiście na stronie do której będzie prowadził link należało by weryfikować kod:
<?php
//należy zweryfikować przekazany kod czy nie zawiera niedozwolonych znaków, element ten pominąłem tutaj
$kod = $_REQUEST['kod'];
if($istnieje['ilosc']) {
if($dane['zweryfikowany'] == 'Nie') {
if(mysql_query("UPDATE kody SET zweryfikowany = 'Tak' WHERE kod = '{$kod}' ")) { echo 'Weryfikacja powiodła się.'; }
} else {
echo 'Ten kod został już zweryfikowany.'; }
} else {
echo 'Podany kod nie istnieje.'; }
?>
PS.
To co napisałem nie zostało sprawdzone jednak powinno zadziałać, a na pewno przedstawia konwencję jakiej powinieneś użyć aby przeprowadzić weryfikacje.