Postanowiłem się skonsultować.
Problem:
Wywalić katalog z zawartością.

Opcjonalne podejscia:
a) system('rm -rf $katalog) i looz
rekursywne kasowanie z poziomu php (uzycie opendir'a)

Mnie wydaje się optymalniejsze a). Jednka system odpala osobny proces.
Nie umialem w archiwum odnaleźć nic na temat wydajnosci rozwiązań z system() i exec() :oops:

Ja bym wybrał a) - ponieważ kasowaniem zajmuje sie system, a w przypadki php musisz otworzyć katalog, odczytać zawartość, sprawdzić czy są tam podkatalogi i tak w kołko aż dojdziesz do ostatniego podkatalogu i dopiero wtedy kasować.