Mam do wykonania 2 zapytania: select i update. Jednak wykonanie tylko jednego z nich (a drugiego już nie) spowoduje błędy w mojej bazie danych, pare rzeczy nie będzie się zgadzało. Jeżeli uzytkownik przerwie działanie skryptu w tym momencie kiedy wykonuje się pierwsze, drugie może już nie zdążyć.

Dlatego pytam: Czy można jakoś upchnąć 2 zapytania w jedno? Tak, że jeżeli jedno się nie wykona to i drugie też?

Spróbuj z transakcjami. Wtedy, jak wykona sie jedno, a drugie z różnych względów juz nie, MySQL cofnie wszystkie operacje i będzie ok.
Warunek: musisz mieć tabele InnoDB (MyISAM nie obsługują transakcji)