Zobacz jak to wygląda: masz link, w którym ustawiasz ID (jest nim właśnie "edytuj"). Jeżeli ID jest ustawione (innymi słowy: jeżeli klikniesz w edytuj) to wykonuje się wszystko co w masz w else, a znajduje się tam:
1. Pobieranie danych z bazy ($query = $pdo -> query('SELECT * FROM zab_najtran WHERE id='.$_GET[id])

2. Wypełnianie formularza <form action="" method="POST">i wszystko w środku</form>
3. Update danych $update = (...)
Niestety nie masz warunku przed update, który mógłby wyglądać np. tak:
if (isset($_POST['sub']) { $data = $_POST[data];
// itd.
$update = $pdo -> exec("UPDATE zab_najtran SET data = '$data', obrazek = '$img', mininazwa = '$mininazwa', nazwa = '$nazw', opis = '$opis', mini = '$mini' WHERE id = '$id'"); }
Zobacz co się teraz dzieje (bez Twojego udziału, to leci z automatu): pobierasz dane z bazy, wypełniasz nimi formularz, i próbujesz zrobić update w bazie. Z racji tego, że formularz nie jest wysyłany, zmienne $_POST['data'] itd. są puste, a Ty przypisujesz te wartości do krótkich zmiennych (np. $data) i wysyłasz do bazy. Zmienne są puste, dlatego "czyści Ci" zawartość w bazie.