Witam, oczywiście raczkuję w temacie, ale może moje pytanie będzie miało sens.
Zrobiłem stronę gdzie do każdej opcji z menu mam podmenu (coś al'a nasza klasa).
Wybranie opcji z menu głównego wywołuje określony kontroler, a z podmenu chciałbym
zamiast wywoływać akcję wywołać kolejny kontroler.
Jak to się fachowo robi, czy coś z routingiem trzeba namieszać czy jak?

Do linków z podmenu przypisujesz przecież adres na sztywno, więc możesz wpisać adres jaki chcesz, byleby routing się zgadzał.
Jeśli będziesz się trzymał schematu controller/action/id to nie będziesz musiał nic zmieniać w bootstrapie. Mimo wszystko polecam lekturę:
http://kohanaframework.org/3.1/guide/kohana/
http://kohanaframework.org/3.1/guide/kohana/routing

[PHP] pobierz, plaintext 
Request::factory('kontroler/akcja')->execute()
[PHP] pobierz, plaintext 

tak wywoluje sie kontroler w kontrolerze w kohanie 3+