Bawił się ktoś w implementację grafu w PHP? Zastanawiam się w jaki sposób można to zrobić i przychodzi mi tylko do głowy macierz sąsiedztwa..
Ma ktoś jakiś sposób na stworzenie listy sąsiedztwa?

W sieci jest naprawdę masa różnego rodzaju artykułów czy gotowych bibliotek do obsługi grafów. Nawet nie musisz ograniczać się do PHP, bo jest to zagadnienie nie związane z konkretnym językiem.

Wiem, to jest abstrakcyjna struktura danych. Tylko właśnie zastanawia mnie jak zaimplementować .. w C/C++ mamy listy wskaźnikowe, ale w PHP brak tego typu rzeczy..

W PHP masz do wyboru jedynie to co oferuje SPL: http://www.php.net/manual/en/spl.datastructures.php
Niestety nawet poprawnie napisana innego rodzaju kolekcja będzie wolniejsza od powyższych (taki już urok PHP).