Ok przede wszystkim trzeba się zastanowić nad tym czy zamknięcie serwera nie zamknie Ci skryptu... Więc lepiej to zrobić w kolejności
1. zmiana pliku
2. zamknij
3. otwórz
(2 i 3 zameniłbym po prostu na restart

)
Ogólnie nie widzę problemu zależy tylko jaki to system operacyjny bo w linuxie inaczej w windowsie inaczej.
Co musisz zrobić - założę się że dla obu systemów każdy serwer ma "konsolową" opcję restartu - czyli komendę którą wywołujesz z konsoli by go zrestartować. Musisz znaleźć taką komendę dla konkretnego sys. op. którego używasz.
Co dalej? - Użyj funckji exec() lub innej (jest parę), która pozwala na wykonywania poleceń systemu.
I tyle