mam do zrobienia konfigurację projektów domków letniskowych, czyli wstawianie w 2D okien drzwi, przesuwanie ścian, itp., z późniejszą możliwości renderingu do 3D.
Czym to ugryźć (oprócz flasha)? three.js się nada, czy może html5 wystarczy ?

Eee coś mylisz pojęcia.
Ogólnie pojęte HTML5 to właśnie np three.js, bo to jest biblioteka która korzysta z WebGL z tego co widzę. Jeśli nie flash to pozostaje Ci WebGL, Canvas i jakiś lib do 3D, Unity3D i chyba tyle. Jeśli ma być tylko 2D (bez możliwości przejścia do 3D) to możesz to zrobić na zasadzie normalnych divów + drag & drop (ofc. jeśli dobrze rozumiem co chcesz zrobić)