przy założeniu, że mam określony kontent strony generowany przez metodę kontrolera np. wyświetlanie (nie nie mylę z widokiem to skrót myślowy) na stronie boxu z linkami zaloguj/rejestruj (dla użytkowników niezalogowanych) lub wyloguj (dla użytkowników zalogowanych), metoda inicjuje widok wstawia do niego linki które są przez widok renderowane do htmla i wyświetlane

w którym miejscy i w jaki sposób zdecydować na podstawie tego czy użytkownik jest zalogowany jaki kontent mu wyswietlić? w widoku? w modelu w trakcie pobierania? czy juz w samym kontrolerze i wtedy dostosowywac to jakie dane pobiore z modelu i jak wyswietle w widoku?

w odniesieniu do tego przykładu, jak zarządzać w konkretnych metodach o tym jaki kontent mają wygenerowac, logowanie oparte np. o sesje, struktura a'la HMVC czyli wiele kontrolerów, dla każdego modułu strony osobny osobny kontroler

zarządzam już uprawnieniami dostępu dla użytkoników zalogowanych i niezalogowanych do danego kontrolera oraz jego konkretnych metod na podstawie tablicy uprawnień

1. Mechanizm uwierzytelniania i autoryzacji raczej nie powinien mieć nic wspólnego z logowaniem użytkownika czy jego sesją. A przynajmniej nie powinien mieć bezpośredniego związku.
2. Sprawdzanie uprawnień to przykład jednej z tych rzeczy, która jest rozwalona po dosłownie całej aplikacji. Nic nie stoi na przeszkodzie by w szablonie sprawdzić czy użytkownik jest zalogowany (posiada odpowiednie uprawnienia) celem wyświetlenia linka "Zaloguj się" bądź "Wyloguj się".

nie do końca rozumiem punkt 1.

jeśli np. używam smarty do tpl'i to moge w widoku przed wyrenderowaniem zdecydowac jakie dane podam szablonowi na podstawie tego czy jest zalogowany czy nie

W widoku sprawdzaj co ma być wyświetlone. Utwórz sobie helper w którym będziesz odwoływał sie do modelu w którym sprawdzasz czy user jest zalogowany.