W sumie jest to szybkie pytanie.

Szukam rekordu o danym polu w bazie:

[PHP] pobierz, plaintext 
$offer = $em->getRepository('gpMyAppBundle:Auction')->findBy(array('MyApp_id' => $secondId));
[PHP] pobierz, plaintext 

Jeśli nie ma, to tworzę nowy obiekt i dodaję do bazy. Jest OK.

Natomiast jeśli istnieje, to próbowałem się odwołać do obiektu $offer, np:

[PHP] pobierz, plaintext 
$offer->setTitle($title);
[PHP] pobierz, plaintext 

co skutkowało błędem.

Pomogło wykonanie kolejnego zapytania:

[PHP] pobierz, plaintext 
$offer = $em->getRepository('gpMyAppBundle:Auction')->find($id);
[PHP] pobierz, plaintext 

Czy w Doctrine2 nie ma możliwości wykonania aktualizacji na obiekcie pobranym przez metodę findBy (albo inną niż "find()")?
Czy może ja coś źle robiłem?

[PHP] pobierz, plaintext 
$offer = $em->getRepository('gpMyAppBundle:Auction')->findOneBy(array('MyApp_id' => $secondId));
[PHP] pobierz, plaintext 

Musisz użyć findOneBy, ponieważ w przeciwnym przypadku dostajesz jakąś tablicę (ArrayCollection lub coś w tym stylu)

Generalnie polecam używać środowiska deweloperskiego (zamiast app.php masz app_dev.php). Tam wyświetliłby Ci się przecież błąd, że jest to obiekt innej klasy (ew. non-object, bo nie pamiętam co Doctrine zwraca w findBy )

Metoda findby(), zwraca tablicę wyników, nawet gdy będzie to jeden rekord, zwrócona będzie tablica z tym jednym rekordem, więc poprawnie powinna sie sprawdzać

[PHP] pobierz, plaintext 
$offer = $em->getRepository('gpMyAppBundle:Auction')->findBy(array('MyApp_id' => $secondId));
if(!$offer[0]){
     throw new NotFoundHttpException('not found');
}
[PHP] pobierz, plaintext 

Częściej wykorzytuje się jednak metodę findOneBy(), wraz z blokami try catch, metoda ta zwróci jeden pasujący rekord lub wyrzuci wyjątek gdy będzie więcej niż jeden lub nie będzie ich wcale.

Dzięki wielkie - muszę uważnej czytać błędy

findByOne jest tym, czego szukałem

No i warto zacytować błąd przy pisaniu tematu