Witam,
pytanie dość głupie, ale czy jeśli decyduje się na napisanie jakiejś aplikacji w OOP, to czy wszystkie pliki powinny być klasą ?
Czy np mogę sobie rozbić logowanie na form.php -> login.php etc.

Czy po prostu zrobić klasę Auth, która będzie zawierała metody, showForm(), doLogin() i inne, które są potrzebne ? Czy wtedy dobrym krokiem do Auth jest dodanie np register() ?

Zobacz jak to jest w frameworkach mvc. W plikach widoku nie ma klas.

No tak, ale widok w przypadku php, to zwykły plik, który mógłby zawierać w sobie zmienne wysyłane z kontrolera.

Ale prócz widoków, to wszystko inne powinno być klasą w przypadku OOP?

1. Warstwa widoku w architekturze MVC (nawet tej stricte przeznaczonej do aplikacji webowych czy tej realizowanej przez niemal wszystkie popularne FW MVC) nie jest tożsama z szablonem.
2. Nigdy nie powinieneś skończyć z obiektem, który posiada metody showForm() i doLogin() - to dwa, kompletnie oderwane od siebie zagadnienia (w dodatku o dużej złożoności), które powinny być wykonywane przez kompletnie różne grupy obiektów.
3. Nawet w językach w pełni obiektowych (do których PHP się nie zalicza), poza plikami ze źródłami klas, będziesz miał pliki z różnego rodzaju zasobami (do których zaliczysz np. konfigurację w XML-u czy właśnie plik z szablonem).

Tworzysz plik .php , np. index.php a w nim:

[PHP] pobierz, plaintext 
function __autoload($class) {
    require_once('klasy/'.$class.'.class.php');
	}
 
$polaczenie = new bazadanych;	
 
 try
 
{
// to Twój pierwszy obiekt, odpowiadający np. za wyświetlanie strony
$abc=new website;
$abc->mojaFunkcjaZKlasyWebsite($polaczenie->connection());
// przykładowe połączenie z funkcją connection() z klasy bazadanych wykorzystując funkcję z innej klasy... bla bla bla
} 
catch(Exception $exception)
{
   echo 'blad : '.$exception->getLine().': '.$exception->getMessage();
}
[PHP] pobierz, plaintext 

w katalogu KLASY tworzysz pliki z nazwą taką jak klasa. W naszyp przypadku klasy/bazadanych.class.php oraz klasy/website.class.php

To akurat znam, ale czy Index nie może być już klasą ?

Nie. Główną, nadrzędną klasę musisz wywołać z 'proceduralnego' php.