Ok, no to pokolei...
1. Nie ma znaczenia licencja na MySQL, lub inne temu podobne bazy jeżeli w ramach umowy nie ma zapisów że firma sprzedaje ci tą bazę. Firma sprzedaje ci oprogramowanie korzystające z tej bazy a nie ją samą .
2. Nie wiem co ty chcesz dalej zrobić z tym softem, ale zakładam że chcesz go dalej sprzedawać czyli defacto powinny być odpowiednie zapiski w umowie o przeniesieniu praw majątkowych, mianowicie o tym że osoba sprzedająca ci ten soft nie będzie wnosić żadnych roszczeń wobec ciebie,że ty masz pełną możliwość dowolnego obrotu handlowego tym towarem, że prawa te sprzedawane ci są dożywotnio, że sprzedający tobie ten soft zostawia sobie jedynie np. możliwość wpisu w CV o pracy dla ciebie. Dokładnych przykładów szukaj w serwisach prawnych.
3. Odpowiedni model funkcjonalny opisujący jak najdokładniej zastosowane rozwiązania funkcjonalne.
4. Odpowiedni model funkcjonalny opisujacy zastosowane technologie i to nie tylko o tym że napisane w php, ale również m.in. zastosowane dodatkowe biblioteki.
5. Dokumentacja API.
To co wyżej wymieniłem to taka podstawa. Wszystko zależy od tego czym tak naprawde jest ten soft i na jaką skalę chcesz go sprzedawać, bo wiadome jest że nikt nie będzie się sądził z klientem gdzie został wdrożony za 1 tys zł, a za 50 tys to już różnica.
Reasumując. Pisałem to troszeczke zmęczony więc przepraszam purystów językowych z góry

, ale meritum sprawy jest takie że do umowy musisz załączyć dwa załączniki jeden opisujący bardzo dokładnie samo narzędzie (pkt 3,4,5) a drugi o prawach majątkowych (pkt 2).
pzdr