Do SFTP używałam do tej pory WinSCP, ale potrzebuję przerzucić gigantyczne ilości danych między serwerem A i B i chciałabym to zrobić bezpośrednio - jest jakiś program, gdzie w jednym oknie połączę się z serwerem A w drugim z serwerem B i przerzucę pliki bez ściągania wszystkich danych na kompa?

rsynciem mozesz to zrobić.

scp

tylko pod windowsem w wersji okienkowej najlepiej (?)

Ale po co okienkowo i windows? Logujesz sie po SSH na jeden serwer - jesli chcesz z windowsa to mozesz do tego uzyc np. putty, odpalasz SCP albo rsync i wszystko leci sobie pomiedzy serwerami, z pominieciem Twojego komputera.

Dlatego że chce wybrać które foldery gdzie... bez bawienia się z komendami i wpisywaniem z palca ścieżek

Bawienie się komendami i wpisywanie z palca ścieżek jest częścią bycia programistą. Zrobisz sobie ogromną przysługę ucząc się komend.

Pal licho jak rozmiar danych na serwerze jest mały i jest mało plików.
Przy większej ilości to już przerąbane jest. Kopiowanie na własny system, a potem na nowy serwer, wydłuża czas kopiowania podwójnie.

Ja sobie zawsze robię backup plików do plików .tgz i następnie pobieram na nowy serwer i tak rozpakowuję. Prosto, szybko i mam dodatkowy backup.
Swoją drogą, tak też możesz robić codzienny backup z serwera na serwer.
Ustawiasz na cron komendy do kompresji i wysyłki na drugi serwer.

Zatwsze możesz tgz puścić po pieline na nowy serwer bez bawienia się w zapisywanie na backupowanym serwerze

To kolejne dobre rozwiązanie. Najciekawsze jest jednak to że wciąż wiele twórców stron WWW, kopiuje strony między serwerami: SERWER A -> KOMPUTER -> SERWER B i to tacy co siedzą w branży wiele lat. Dla wielu konsola SSH to jakiś relikt przeszłości.

bo jest straszna... a programistką sięnie nazywam i nie aspiruję do takiego miana... jestem głównie od frontendu
tylko tu teraz mi wpadło takie zagadnienie

W dzisiejszych czasach frontend też wymaga posługiwania się konsolą - choćby żeby obsługiwać npm'a, więc to żadna wymówka.

npm to jednak inna bajka