Witam serdecznie,
nie mogę ogarnąć dość może kontrowersyjnej dla niektórych rzeczy, mianowicie normalnie i w innych przypadkach usuwając klucze z pliku xml funkcją poniżej, przy usunięciu ostatniej ladnie mi "biutifuje" plik, natomiast przy usuwaniu plików (i informacji o plikach w xml) zostawia dziury po usuniętych nodach:

[PHP] pobierz, plaintext 
// Funkcja do upiększania formatu xml po jego zapisaniu
function formatXml($simpleXMLElement) {
  $xmlDocument = new DOMDocument('1.0', 'utf-8');
  $xmlDocument -> preserveWhiteSpace = false;
  $xmlDocument -> formatOutput = true;
  $xmlDocument -> loadXML($simpleXMLElement -> asXML());
  return $xmlDocument -> saveXML();
}
[PHP] pobierz, plaintext 

a tu cala klamerka

[PHP] pobierz, plaintext 
// W tym kroku sprawdźmy, czy nie należy usunąć jakichś plików
          if (isset($postPage['files'])) {
            $postFiles = $postPage['files'];
            foreach ($postFiles as $key => $f) {
              $found = $loadPageDataBase -> xpath('files/file[@id = "'.$key.'"]'); // Szukamy w bazie danych klucza o tym atrybucie ID
              if (count($found) == 1) {
                if (isset($f['delete']) && $f['delete'] === (string)$found[0]['id']) {
                  $fileToDelete = './db/upload/'.$found[0][0];
                  if (file_exists($fileToDelete)) {
                    // Usuwamy pozycję w bazie danych
                    $dom = dom_import_simplexml($found[0]);
                    $dom -> parentNode -> removeChild($dom);
                    // Oraz usuwamy sam plik
                    unlink($fileToDelete);
                  }
                  else {
                    echo "<script>window.location.href='./admin.php?page=pages&edit=".$postPage['id']."&danger=Nie odnaleziono pliku ".$found[0][0]."!'</script>";
                    exit;
                  }
                }
                else {
                  // Aktualizujemy nazwy plików
                  $found[0]['title'] = $postFiles[$key]['title'];
                }
              }
              else {
                echo "<script>window.location.href='./admin.php?page=pages&edit=".$postPage['id']."&danger=Nie odnaleziono pliku o id ".$key." w bazie danych!'</script>";
                exit;
              }
            }
          }
 
          // W tym kroku sprawdźmy, czy nie należy dodać jakichś plików
...
 
 
          $loadPageDataBase -> asXML($pathToPageToUpdate);
          // Układamy bazę na nowo (biutifujemy)
          $beautifyXML = htmlspecialchars(formatXml($loadPageDataBase));
          $beautifyXML = html_entity_decode($beautifyXML);
          $beautyFile = fopen($pathToPageToUpdate, 'w');
          flock($beautyFile, LOCK_EX);
          fwrite($beautyFile, $beautifyXML);
          flock($beautyFile, LOCK_UN);
          fclose($beautyFile);
[PHP] pobierz, plaintext 

generalnie cały problem polega na tym, że kiedy zostaja usuniete wszystkie pliki robi sie dziura:
- przyklad pierwszy - mam 5 plikow - usune 4 z nich, wszystko jest ok, jak usune ostatni (piaty) robi sie dziura jako jeden wiersze w pliku xml.
- przyklad drugi - mam 5 plikow, usune wszystkie 5 - robi sie dziurna na 5 wierszy w pliku xml (chyba ze w miedzyczasie dodam jakies pliki - to wypelnia ta dziure, np dodam 3 pliki, zostanie dziura na 2 wiersze...

@EDIT
Podejrzewam - mam pewność że chodzi o tą funkcję - znalazłem w necie, że jedni mówią żeby preservewhitespace było na false, inni true - generalnie nei ma to znaczenia bo zawsze przy usunieciu wszystkich dzieci konkretnego klucza zostają jakieś "\n" i stad nie zmienia się na "<rodzic/>" tylko zostaje "<rodzic </rodzic>" i TYLKO w przypadku usunięcia wszystkich choldren, czyli pozostawienia pustego rodzica...

Zerknij na to: https://www.php.net/manual/en/libxml.constants.php#102279

to zauwazylem, ale nie bardzo mi to cos pomaga, nawet na sztywno jak zrobilem to nadal zapisuja sie te biale znaki - byc moze problem jest w samym usunieciu dziecka z XPATH'a? no ale w sumie dopoki nie usunie sie ostatniego w rodzicu - wszystko jest w porzadku..

Ale dodałeś tą flagę przy wczytywaniu do DOMDocument?

tak, nawet zamienilem simplexml na domdocument i probowalem dodac i poznie jskasowac element na sztywno bez funkcjo ale nic sie nie zmienilo

A jak to działa? Przeglądasz plik załadowany do $loadPageDataBase, a usuwasz węzły w innych plikach, które ładujesz odrębnie (dom_import_simplexml) na podstawie wartości węzłów z $loadPageDataBase.

tak dzial ze napisalem sobie osobny php ze zdublowanym xml i zrobilem to samo co mam w duzej klamrze - czyli zaimportowalem domem plik, edytowalem go i zapisalem funkcja zmieniona z flagą. I dalej zostały mi dziury

To może najpierw zacznij od uproszczenia kodu.
Do DOMDocument możesz załadować XML, możesz też wykonywać zapytania i możesz też usuwać węzły. Całość w ramach obsługi jednego obiektu.
Zobaczysz co wtedy otrzymasz.

https://kawalekkodu.pl/the-tag-is-out-there...domxpath-s01e01
https://kawalekkodu.pl/the-tag-is-out-there...domxpath-s01e03

rozwiązałem problem w prosty znaleziony sposób - zmieniłem funkcję na:

[PHP] pobierz, plaintext 
function saveBeautyXml($loadedXml, $pathToXml) {
  $dom = dom_import_simplexml($loadedXml) -> ownerDocument;
  $dom -> formatOutput = true;
  return $dom -> save($pathToXml);
}
[PHP] pobierz, plaintext 

a zamiast $load... -> asXML(); i pozniej calego upiekszania pliku wystarczylo wywolanie tej funkcji, czyli calosc wyglada tak i dziala genialnie:

[PHP] pobierz, plaintext 
...
// W tym kroku sprawdźmy, czy nie należy usunąć jakichś plików
          if (isset($postPage['files'])) {
            $postFiles = $postPage['files'];
            foreach ($postFiles as $key => $f) {
              $found = $loadPageDataBase -> xpath('files/file[@id = "'.$key.'"]'); // Szukamy w bazie danych klucza o tym atrybucie ID
              if (count($found) == 1) {
                if (isset($f['delete']) && $f['delete'] === (string)$found[0]['id']) {
                  $fileToDelete = './db/upload/'.$found[0][0];
                  if (file_exists($fileToDelete)) {
                    // Usuwamy pozycję w bazie danych
                    $dom = dom_import_simplexml($found[0]);
                    $dom -> parentNode -> removeChild($dom);
                    // Oraz usuwamy sam plik
                    unlink($fileToDelete);
                  }
                  else {
                    echo "<script>window.location.href='./admin.php?page=pages&edit=".$postPage['id']."&danger=Nie odnaleziono pliku ".$found[0][0]."!'</script>";
                    exit;
                  }
                }
                else {
                  // Aktualizujemy nazwy plików
                  $found[0]['title'] = $postFiles[$key]['title'];
                }
              }
              else {
                echo "<script>window.location.href='./admin.php?page=pages&edit=".$postPage['id']."&danger=Nie odnaleziono pliku o id ".$key." w bazie danych!'</script>";
                exit;
              }
            }
          }
 
          // W tym kroku sprawdźmy, czy nie należy dodać jakichś plików
          if (isset($_FILES['uploads'])) {
            $filesToUpload = $_FILES['uploads'];
            $countFilesToUpload = count($filesToUpload['name']);
            $counter = 0;
            for ($i = 0; $i < $countFilesToUpload; $i++) {
              $newFileId = newStringId(8);
              $fileExtension = explode('.', $filesToUpload['name'][$i]);
              $fileExtension = strtolower(end($fileExtension));
              $fileName = str_replace('.'.$fileExtension, '', $filesToUpload['name'][$i]);
              if (in_array($fileExtension, $allowedExtensions)) {
                $newFile = $fileName.'.'.$fileExtension;
                $countWhile = 0;
                while (file_exists('./db/upload/'.$newFile)) {
                  $countWhile++;
                  $newFile = $fileName.'['.$countWhile.'].'.$fileExtension;
                }
                move_uploaded_file($filesToUpload['tmp_name'][$i], './db/upload/'.$newFile);
                // Dodajmy wpis do bazy danych
                $newFile = $loadPageDataBase -> files -> addChild('file', $newFile);
                $newFile -> addAttribute('id', $newFileId);
                $newFile -> addAttribute('title', '');
 
                $counter++;
              }
            }
          }
          saveBeautyXml($loadPageDataBase, $pathToPageToUpdate);
[PHP] pobierz, plaintext