Popatrz:
Jak odczytujesz zawartosć katalogu (zakładam ze to potrafisz) to musisz uzywac petli. Jeśli chcesz sprawdzic ile jest plików (a zatem ile razy pętla się wykonała) inicjujesz przed nią zmienną (czyli $zmienna= null).
Teraz w ciele pętli umieszczeasz polecenie, który zwiększy twoją zmienną o 1 (czyli przy napotkaniu pliku doda go do wartosci zmiennej), więc $zmienna++. Potem wystarczy odczytać zmienną $zmienna, i mamy ilość plików w katalogu

@infernox: nie uważasz, że prościej zwiękaszać zmienną niz eksportować pliki do tablicy i liczyć ilość jej elementów?
Edit: w przełożeniu na php oznacza to:
<?php
$zmienna=null;
if($file!='.' && $file!='..') { // to dsajesz zeby nie liczylo ani nie wyswietlalo katalogow '.' i '..'
//operacje na plikach albo cos :)
$zmienna++;
}
}
echo $zmienna; //masz ilosc plikow ?>