W jaki sposób można z poziomu skryptu php usunąć katalog, tzn skrypt do usuwania mam i działa mi na komputerze, ale jak wrzucę na serwer to wyskakuje mi błąd że nie mam uprawnień

1. Usuwanie katalogów to temat bardzo popularny i poruszany bardzo często, poszukaj sobie.
2. Jak nie masz praw, to nie masz praw. Nic tutaj się nie poradzi.
3. Jak już mówisz, że masz kod, który nie działa tak jakbyś chciał, to dobrym zwyczajem jest pokazać ten kod. Co my jesteśmy wróżki, czy jak :?:

Ale chodzi o to że na kompie mi dział elegancko a na serwerze katalog ma inne prawa i dlatego katalog nie chce sie usunąć. I teraz moje pytanie czy można skryptem zmienić prawa do katalogu na takie które pozwolą go usunąć

Można.
Możesz zrobić to funkcją chmod(), ale jest ona często blokowana ze względów bezpieczeństwa.
Jeśli to nie zadziała to nie zmienisz tych praw z poziomu php.