Jak zrobić link do dokumentu .eml lub do obrazka jpg ale tak by po kliknięciu nie otwierał się automatycznie w oknie przeglądarki tylko wyskakiłało okno do zapisu go na dysku?

Wysyłaj z odpowiednim nagłówkiem:

Nie jestem pewien czy dobrze to wstawiłem ale niestety nadal plik eml otwiera się w przeglądarcie a nie do zapisu na kompa.

Ale to plik .eml masz wysyłać z takim nagłówkiem. Wymaga to odpowiedniej konfiguracji Apache lub wysyłania pliku np. za pomocą skryptu php http://pl2.php.net/manual/pl/function.header.php#AEN46807

Przestało to mieć związek z (X)HTML'em.

Przenoszę na php Pocz.