Nie potrafię sobie poradzić z posortowaniem takiej tablicy wg. daty zawartej w nazwach:

[HTML] pobierz, plaintext 
[0] => T501031_2006.11.21.LOG
[1] => T104000_2006.11.22.LOG
[2] => T505030_2006.11.23.LOG
[3] => T105033_2006.11.26.LOG
[4] => T200038_2006.11.28.LOG
[5] => pusty_2006.11.20.LOG
[6] => pusty_2006.11.24.LOG
[7] => pusty_2006.11.25.LOG
[8] => pusty_2006.11.27.LOG
[9] => pusty_2006.11.29.LOG
[10] => pusty_2006.11.30.LOG
[HTML] pobierz, plaintext 

Wie ktoś jak sobie z tym poradzić? tzn. wiem jak wyciągnąć daty i posortować ale nie wiem jak sportotem zrobić całe nazwy plików

wystarczy, że przy sortowaniu masz id danej daty np. dla T200038_2006.11.28.LOG to 4, i wtedy wystarczy przetasować, czy raczej przypisać do odpowiedniego id odpowiednią nazwę.
Choć może łatwiej i wydajniej na przyszłość zmienić sposób nazewnictwa na 2005.01.28_T2000003.LOG

Skorzystaj @japek z funkcji usort().
Jej implementacja wraz z zastosowaniem dla Twojego problemu może wyglądać następująco:

[PHP] pobierz, plaintext 
<?php
$a = array();
$a[] = "T501031_2006.09.21.LOG";
$a[] = "T104000_2006.11.22.LOG";
...
 
usort($a, 'sortArray');
foreach ($a as $k) {
	echo $k . '<br />';
}
 
function sortArray($a, $b) {
	$a = substr($a, strpos($a, '_') + 1);
	$b = substr($b, strpos($b, '_') + 1);
 
	if($a > $b) {
		return 1;
	}
 
	if($a < $b) {
		return -1;
	}
 
	return 0;
}
?>
[PHP] pobierz, plaintext