Witam istnieje jakaś zapytanie w mysql która umożliwia eksportowanie bazy danych coś takiego jak w phpmyadmin tylko że ja chce to zrobić bezpośrednią z kodu php?

nie ma takiej funkcji. Proponuję abyś zobaczył w jaki sposób ten problem rozwiązali twórcy phpMyAdmina i go powtórzył w swoim skrypcie.

A mam takie pytanie... Baza danych to jest jeden plik który znajduję się na serwerze? Jak tak to czy nie da się go skopiować w całości w inne miejsce i żeby ta baza działała ?

[SQL] pobierz, plaintext 
SELECT * INTO OUTFILE "/ścieżka/do/pliku.sql" FROM nazwa_tabeli
[SQL] pobierz, plaintext 

To zapytanie wyeksportuje określoną tabele, ale jak się pobawisz to dasz rade i całą bazę wyeksportować
Pozdrawiam